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Statistiques et génétique

IRMA, 12 mars 2010

Le 12 mars à 16h, le colloquium sera consacré à "la génétique génomique, un défi pour les statistiques", par Bernard Prum (Statistique et génome, Evry) :

La génomique cherche à identifier tous les mots « écrits » dans un langage dont
l’alphabet est composé de 4 lettres cités par Bernard Prum. L’ensemble de ce message héréditaire est localisé sur des structures appelés chromosomes et c’est cet ensemble qui constitue le génome.
Détecter « tous » les mots présents dans le génome de chaque individu reste
aujourd’hui un défi, c’est une question ouverte qui doit faire appel à de nombreuses
méthodes soit expérimentales (ou encore biologiques) soit théoriques (prédictions
basées sur des méthode informatiques et mathématiques).
Chaque individu possède un génome différent (biodiversité nombre de gènes différents, composition différentes des allèles) que cet individu soit très petit comme une bactérie, soit facilement identifiable comme un Homme, un chien, un poisson ou encore un érable.
L’exposé de génomique comparative à partir des génomes de levures ( ce qui permet de faire le pain, le vin, les gâteaux, …) tentera de montrer que cette analyse comparative permet de mieux identifier tous les mots présents dans un génome, leur présence, leur perte. L’analyse de la présence successive de plusieurs mots dans des génomes différents (synténie) permettra de reconstituer une partie de l’histoire évolutive sur des centaines de millions d’année.
Les avancées technologiques récentes (moins de 4 ans) permettent de disposer d’une
quantité fantastique de génomes, elles impliquent toutefois que l’on puisse utiliser pour leur analyse des méthodes différentes , à créer, faisant appel à des outils statistiques et mathématiques originaux. C’est un très grand défi pour les études de biologie.

Le colloquium sera précédé à 15H d’une conférence de Jean-Luc Souciet, Pr. en Microbiologie et génétique l’Univ. de Strasbourg : "L’analyse des séquences d’ADN et l’histoire évolutive des êtres vivants : un exemple avec la génomique comparative des levures."

La génétique traite de l’héritabilité des caractères ; la génomique étudie les chromosomes, ces longues chaînes "écrites" dans un alphabet de 4 lettres, qui se transmettent partiellement de génération en génération. A la charmière des deux se
pose la question : quels sont les variants sur les chromosomes qui sont responsables des différents caractères observés – par exemple responsables d’une maladie ?

Aujourd’hui la technologie permet de mesurer, à un prix raisonnable, ces variants chromosomiques (les allèles) en des centaines de milliers de positions chez des centaines d’individus.

Trouver les allèles dont la présence accroît le risque d’être malade (analyse d’association) et/ou ceux transmis plus fréquemment en même temps que la maladie (analyse de liaison) est un réel défi pour le statisticien. D’autant que, le plus
souvent, la composante génétique d’une maladie fait intervenir les allèles en plusieurs positions du génome – parfois des dizaines – , et qu’il est essentiel de lui adjoindre des composantes environnementales.

Cet exposé présentera quelques outils statistiques utilisés et en voie de développement pour répondre à ce défi.

Lieu : salle de conférences de l’IRMA.

Dernière mise à jour le 23-03-2010